Chrám bol po stáročia zasypaný sopečným popolom, znovuobjavený v roku 1733, čiastočne obnovený
Ochrana Prambananu — od znovuobjavenia v roku 1733 po zemetrasenie v roku 2006
Dnešný návštevnícky zážitok z Prambananu je výsledkom takmer 90 rokov ochranárskej práce. Chrám bol v 16.-17. storočí zasypaný sopečným popolom, čiastočne znovuobjavený holandským zememeračom v roku 1733, formálne zdokumentovaný v roku 1885 a zásadne obnovený v rokoch 1937 až 1953. Zemetrasenie v Yogyakarte v roku 2006 poškodilo niekoľko chrámov a vyvolalo ďalšiu ochranársku kampaň. Tento sprievodca podáva jasnú faktickú históriu ochrany.
Rezervovať vstup do Prambananu ↗Zasypanie a znovuobjavenie (16.-19. storočie)
Dynastie Šailendrovcov a Sandžajovcov v strednej Jáve upadali v 10.-11. storočí; Prambanan bol pravdepodobne opustený do 11. storočia. V 16.-17. storočí boli chrámy čiastočne zasypané popolom z erupcií blízkej sopky Merapi. Stavby zarástla vegetácia. Miestni Jávčania o zrúcaninách vedeli, ale považovali ich za posvätné a vyhýbali sa im; identita stredovekého kráľovstva bola stratená.
V roku 1733 zaznamenal holandský zememerač C. A. Lons Prambanan vo svojich mapách Jávy. Prvú formálnu európsku dokumentáciu vykonal v roku 1885 holandský koloniálny archeológ J. Groneman, ktorý publikoval ilustrované opisy. Chrám bol v troskách — hlavné svätyne boli čiastočne zrútené, po celom komplexe ležali roztrúsené kamenné úlomky a okolitých 224 chrámov perwara bolo takmer úplne zborených.
Rekonštrukcia v rokoch 1937-1953
Rozsiahla obnova sa začala v roku 1937 pod holandskou koloniálnou archeologickou službou. Prioritou bol Šivov chrám — najvýznamnejší a najúplnejšie zrútený. Obnova využívala metódu anastylózy: pôvodné kamenné fragmenty boli roztriedené, identifikované podľa svojej polohy z dôkazov na rezbách a znova zostavené do pôvodnej stavby. Chýbajúce kamene boli ponechané ako medzery, namiesto toho, aby boli nahradené moderným materiálom.
Druhá svetová vojna prácu prerušila; japonská okupácia Jávy (1942-1945) zastavila ochranu pamiatky. Po indonézskej nezávislosti (1945) v práci pokračovala indonézska vláda. Šivov chrám bol v podstate dokončený do roku 1953, chrámy Brahmu a Višnua nasledovali v ďalších desaťročiach. 224 chrámov perwara nebolo nikdy plne obnovených; väčšina zostáva ako čiastočné trosky. UNESCO zapísalo Prambanan na svoj zoznam v roku 1991.
Zemetrasenie v roku 2006 a potom
27. mája 2006 zasiahlo región Yogyakarty zemetrasenie so silou 6,3. Zemetrasenie si vyžiadalo vyše 5,500 obetí a poškodilo tisíce budov. V Prambanane neboli hlavné svätyne vážne poškodené vďaka stredovekej jávskej zemetraseniu odolnej konštrukcii (do seba zapadajúci kameň bez malty). Niekoľko menších vedľajších chrámov sa však zrútilo a vyžadovalo rekonštrukciu.
Ochranárske práce po roku 2006 sa zamerali na stabilizáciu poškodených chrámov a seizmické spevnenie hlavných svätýň. Niektoré zrekonštruované chrámy teraz zahŕňajú nenápadné prvky seizmického vystuženia, neviditeľné pre návštevníkov, ale navrhnuté tak, aby vydržali budúce zemetrasenia. Chrámový komplex bol pre návštevníkov znovu otvorený po zhruba 18 mesiacoch uzavretia po zemetrasení. Ochranárska práca pokračuje aj naďalej; drobné posuny kameňa sa opravujú každoročne.