Chrám byl po staletí zasypán sopečným popelem, znovuobjeven v roce 1733, částečně obnoven
Ochrana Prambananu — od znovuobjevení v roce 1733 po zemětřesení v roce 2006
Dnešní návštěvnický zážitek z Prambananu je výsledkem téměř 90 let ochranářské práce. Chrám byl v 16.-17. století zasypán sopečným popelem, částečně znovuobjeven nizozemským zeměměřičem v roce 1733, formálně zdokumentován v roce 1885 a zásadně obnoven v letech 1937 až 1953. Zemětřesení v Yogyakartě v roce 2006 poškodilo několik chrámů a vyvolalo další ochranářskou kampaň. Tento průvodce podává jasnou faktickou historii ochrany.
Rezervovat vstup do Prambananu ↗Zasypání a znovuobjevení (16.-19. století)
Dynastie Šailéndrů a Sandžajů ve střední Jávě upadaly v 10.-11. století; Prambanan byl pravděpodobně opuštěn do 11. století. V 16.-17. století byly chrámy částečně zasypány popelem z erupcí blízké sopky Merapi. Stavby zarostla vegetace. Místní Javánci o zříceninách věděli, ale považovali je za posvátné a vyhýbali se jim; identita středověkého království byla ztracena.
V roce 1733 zaznamenal nizozemský zeměměřič C. A. Lons Prambanan ve svých mapách Jávy. První formální evropskou dokumentaci provedl v roce 1885 nizozemský koloniální archeolog J. Groneman, který publikoval ilustrované popisy. Chrám byl v troskách — hlavní svatyně byly částečně zřícené, po celém komplexu ležely roztroušené kamenné úlomky a okolních 224 chrámů perwara bylo téměř úplně zbořeno.
Rekonstrukce v letech 1937-1953
Rozsáhlá obnova začala v roce 1937 pod nizozemskou koloniální archeologickou službou. Prioritou byl Šivův chrám — nejvýznamnější a nejúplněji zřícený. Obnova využívala metodu anastylózy: původní kamenné fragmenty byly roztříděny, identifikovány podle své polohy z důkazů na vyřezávkách a znovu sestaveny do původní stavby. Chybějící kameny byly ponechány jako mezery, místo aby byly nahrazeny moderním materiálem.
Druhá světová válka práce přerušila; japonská okupace Jávy (1942-1945) zastavila ochranu památky. Po indonéské nezávislosti (1945) v práci pokračovala indonéská vláda. Šivův chrám byl v podstatě dokončen do roku 1953, chrámy Brahmy a Višnua následovaly v dalších desetiletích. 224 chrámů perwara nebylo nikdy plně obnoveno; většina zůstává jako částečné trosky. UNESCO zapsalo Prambanan na svůj seznam v roce 1991.
Zemětřesení v roce 2006 a poté
27. května 2006 zasáhlo region Yogyakarty zemětřesení o síle 6,3. Zemětřesení si vyžádalo přes 5,500 obětí a poškodilo tisíce budov. V Prambananu nebyly hlavní svatyně vážně poškozeny díky středověké jávské zemětřesení odolné konstrukci (do sebe zapadající kámen bez malty). Několik menších vedlejších chrámů se však zřítilo a vyžadovalo rekonstrukci.
Ochranářské práce po roce 2006 se zaměřily na stabilizaci poškozených chrámů a seismické zpevnění hlavních svatyní. Některé rekonstruované chrámy nyní zahrnují nenápadné prvky seismického vyztužení, neviditelné pro návštěvníky, ale navržené tak, aby vydržely budoucí zemětřesení. Chrámový komplex byl pro návštěvníky znovu otevřen po zhruba 18 měsících uzavření po zemětřesení. Ochranářská práce pokračuje i nadále; drobné posuny kamene se opravují každoročně.